El Instituto de Investigaciones Históricas, Antropológicas y Arqueológicas -IIHAA- es la unidad de investigación de la Escuela de Historia. Fue creado por acuerdo del Consejo Superior Universitario, según punto 12 del acta No. 783 correspondiente a la sesión celebrada el 10 de febrero de 1962 como unidad dependiente de la Escuela de Historia de la Universidad de San Carlos.
El IIHAA surgió dentro del departamento de Historia de la Facultad de Humanidades, pero fue hasta que la Escuela de Historia fue creada como un organismo independiente, que éste inició una actividad dirigida al estudio sistemático de la historia, la antropología y la arqueología. En esta segunda etapa la primera directora fue la Licenciada Norma García Mainieri, a quien siguieron los Licenciados Edgar Barillas, Edeliberto Cifuentes, todos historiadores, los sucedió el Licenciado en Arqueología Oscar Rolando Gutiérrez y finalmente asumió la responsabilidad el Doctor Oscar Peláez Almengor.
De 1996 al 2003, la Coordinación de esta Unidad estuvo a cargo del Licenciado Haroldo Rodas. Del 2003 al 2005 fue coordinado por la Licenciada Lesbia Ortiz Martínez, y del 2005 al 2012 por el Doctor Ángel Valdez, de 2013 a 2017 la coordinación estuvo a cargo de la Maestra Regina Fuentes Oliva, y de 2018 a la fecha el IIHAA está coordinado por el Mtro. Ricardo Danilo Dardón Flores.
Esta dependencia planifica y desarrolla la investigación y actividades de apoyo a las áreas de docencia de la Escuela de Historia, fortalece los nexos con los demás centros de investigación existentes dentro de la Universidad de San Carlos y que integran el Consejo Superior de Investigación como órgano rector de este campo dentro de la Dirección General de Investigación –DIGI-.
La labor del IIHAA persigue también un enlace con organismos dedicados a la investigación fuera de la Universidad de San Carlos, especialmente con los dedicados a las disciplinas afines, tanto, de otras universidades existentes en el país, así como de organismos no Gubernamentales y Centros de Investigación del área social-humanística.
En los últimos años los investigadores del Instituto han producido numerosas investigaciones, cuyos resultados han sido difundidos en: la Revista Estudios, los Boletines Informativos y de manera más reciente la revista electrónica Estudios Digital que constituyen los órganos específicos.
De forma paralela a la producción editorial se han producido obras en la Serie Cuadernos de Aportes y publicaciones especiales, así como coediciones con algunas otras instituciones afines que contemplan objetivos de beneficio para las ciencias sociales y la salvaguardia del legado cultural de Guatemala. Estas publicaciones son distribuidas gratuitamente entre los estudiantes y docentes de las distintas áreas de la Escuela de Historia. Otra parte es destinada al canje nacional e internacional con organismos y centros de investigación de Guatemala y el extranjero, con el fin de ampliar la colección de trabajos científico-sociales del Centro de Documentación y la biblioteca de nuestra casa de estudios.